Primero se tendría que ver que tipo de ingresos/abonos percibes por parte de la misma empresa, pero podrían ocurrir dos situaciones igual de correctas:

La primera, solo deducir el importe que efectivamente estás pagando por los servicios, es decir, si la mayoría del gasto se ve compensado con el dinero ganado con la afiliación (sin que puedas sacar el dinero y solamente puedas pagar el propio servicio), solo debes declarar el gasto efectivamente pagado y soportado. Por ejemplo, si el servicio son 50 €, y compensas 20 €, solo podemos declarar como gasto los 30 € restantes que efectivamente has pagado.

La segunda (y más coherente seguramente), en caso de que con el afiliados del servicio, percibas un dinero (que puedas emplear en otras cosas, es decir, sacar de allí), tendrás que emitir una factura y en los datos del cliente poner los de la empresa del servicio, de esa manera quedaría registrado el ingreso y, a su vez, contabilizaremos como gasto todas las facturas recibidas por esta empresa.

Respecto lo que nos indicas, lo cierto es que si no te deduces los gastos del servicio y los vas compensando con lo cobrado por afiliados, no hay ningún problema.

Entiendo que cuando el servicio te ingresa el dinero no te entrega una factura (emitida por destinatario) con retención de IRPF o algo parecido, ¿verdad? Si es así, y no te emiten factura con retención, podríamos decir que se trata de operaciones con cliente final/particular.

En esta situación, las auto facturas puedes declararlas como ingresos de tu actividad (aunque ellos no te han ingresado ninguna cantidad de retención de IRPF a cuenta tuya en Hacienda).

Te recomiendo declarar todas las facturas a partir del siguiente trimestre y así declarar correctamente a partir de ahora y deducirte entonces la totalidad del gasto de los servicios contratados.