Toda factura que recibas de una empresa intracomunitaria (UE) debería ir sin IVA incluido, ya que como autónomo que eres, ejerces de sujeto pasivo del IVA.

Lo correcto sería disponer de un número de IVA intracomunitario (ROI), aunque en caso de que las operaciones no sean recurrentes y solo vayas a recibir una factura, puedes decidir no darte de alta.

De esa factura en concreto, no podrías deducirte el IVA (modelo 303), pero si se tendría en cuenta para el IRPF como mayor gasto de tu actividad (modelo 130).